====== Cours GAO janvier 2014 ======

===== Bases statistiques pour la biologie =====

Ce cours est destiné à des étudiants issus de formations en biologie / santé désireux d'acquérir (ou revoir) des connaissances de base en statistiques. L'accent sera mis sur la construction et la mise en oeuvre des tests d'hypothèses (paramétriques et non paramétriques). Les notions d'estimations et d'intervalles de confiance seront également présentées. Le cours sera illustré par la résolution et la discussion de problèmes concrets.  Il se déroulera sur 3 journées (3 heures de cours le matin et 3 heures de TD l'après-midi). 

  * Jour 1: {{:members:cambroise:teaching:1-mainbasestat.pdf| Introduction à R et Stat. des.}}
  * Jour 2 et 3: {{:members:cambroise:teaching:1314_gao_cours_46.pdf| Estimation et tests}} 

===== Statistiques avec R =====

Ce cours est destiné aux étudiants débutants en R, qui possède des connaissances de base en statistiques. Le cours vise à introduire les fondements  de la programmation en R (objets, fonctions, packages …) et présente des méthodes classiques d'analyse de données, particulièrement utiles aux biologistes / médecins. L'accent est mis en particulier sur le modèle linéaire (analyse de la variance et régression multivariée).  Le cours se déroule sur 3 journées (3 heures de cours en matinée et 3 heures de TD en après midi).

  * Jour 1:  Introduction à R et bref rappel statistiques
    * {{:members:cambroise:teaching:1-r-rappelsstat.pdf|Introduction à R et rappels de Statistiques}}
    * {{:members:cambroise:teaching:permutationtest.r| Correction de l'exercice sur le test de permutation}}
  * Jour 2:  Analyse de données exploratoire
    * {{:members:cambroise:teaching:2-acp-en-bref.pdf| L'ACP}}
    * {{:members:cambroise:teaching:correction-acp.r| Correction des exercices sur l'ACP}}
    * Le module [[http://factominer.free.fr/ | FactoMineR ]]
    * La {{:members:cambroise:teaching:2-clustering.pdf|classification automatique}} et les {{:members:cambroise:teaching:2-partition.pdf|centre mobiles }}
    * Le package [[ http://www.stat.washington.edu/mclust | mclust ]] 
    * Le package [[ http://www.mixmod.org/ | mixmod ]]   
  * Jour 3:
    * {{:members:cambroise:teaching:k-means.r|Correction exercice kmeans}} 
    * Régression linéaire multiple avec
      * [[http://cran.r-project.org/doc/contrib/Faraway-PRA.pdf | Le livre de J. Faraway]]
      * [[http://www.ats.ucla.edu/stat/r/sk/books_pra.htm |Le package de Faraway]]
    * Illustration sur données souris - fibres musculaires {{:members:cambroise:teaching:script_souris.r| Fichier script_souris.r}}