====== Algèbre Linéaire et Analyse de Données ======
===== Intervenants =====
  * [[members:cambroise:welcome|Christophe Ambroise]] (cours magistral)
  * Camille Charbonnier (TP/TD)

===== Documents de cours et TD/TP =====
  * Sujets de TD {{:members:ccharbonnier:teaching:td-mb52.pdf|}}
  * Sujets de TP {{:members:ccharbonnier:teaching:tp-mb52.pdf|}}
  * Fiche récapitulative des commandes usuelles en R {{members:ccharbonnier:teaching:commandes_R.pdf|}} (J. Chiquet)
  * Correction du TD 5 {{:members:ccharbonnier:teaching:correctiontd5.pdf|}}
  * Correction du TD 6 {{:members:ccharbonnier:teaching:correctiontd6.pdf|}}

===== Ressources en ligne pour apprivoiser R =====

==== Introduction générale ====
  * Liste complète des manuels officiels [[http://cran.r-project.org/manuals.html]]
  * Liste complète des manuels proposés sur le CRAN (divisés en >100 pages, <100 pages pour les plus pressés) [[http://cran.r-project.org/other-docs.html]]
  * Sélection parmi ces manuels
    * “R pour les débutants”, Emmanuel Paradis {{:members:ccharbonnier:teaching:paradis-rdebuts_fr-1.pdf|}}
    * “Aide-mémoire de statistique appliquée à la biologie”, Maxime Hervé, destiné aux étudiants de Master Biologie {{:members:ccharbonnier:teaching:herve-aide-memoire-statistique.pdf|}}
    * "Guide des bonnes pratiques", Christophe Genolini, pour coder proprement {{:members:ccharbonnier:teaching:genolini-rbonnespratiques.pdf|}}


==== Représentations graphiques ====
  * Manuels et nombreux exemples de représentations graphiques en R :
    * //Rgraphics// de Paul Murrell, des bases aux raffinements les plus insoupçonnés 
      * Chapitres 1, 2, 4 et codes des figures de la première édition [[http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html]]
      * Codes des figures de la seconde édition[[http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RG2e/]] 
    * Mine d'exemples : R Graph Gallery [[http://gallery.r-enthusiasts.com/]]
    * Pour des graphiques élégants en analyse de données : package ggplot2 [[http://had.co.nz/ggplot2/book/]]

===== Matière première pour les TP =====

==== TP 1 : Algèbre linéaire =====

  * Code source {{members:ccharbonnier:teaching:ellipse.R|}}
  * Code source {{members:ccharbonnier:teaching:plot_img.R|}} (extrait du package ...)
  * Fichiers images {{members:ccharbonnier:teaching:grey_images.zip|}}

  * Correction {{:members:ccharbonnier:teaching:tp1_2011.r|}}



==== TP 2 : Découverte de l'ACP =====
  * Données notes {{members:ccharbonnier:teaching:notes.dat|}}
  * Données Primaires PS 2011 {{:members:ccharbonnier:teaching:primairesps.rdata|}}
  * Correction {{:members:ccharbonnier:teaching:tpnotes.r|}}

==== TP3 : SNP ====
 
  * Extrait de données HapMap {{members:ccharbonnier:teaching:SNP.zip|}} fournies par [[members:mbouaziz:welcome|Matthieu]]
  * [[http://hapmap.ncbi.nlm.nih.gov/|Site web de la base de données HapMap]]

==== TP noté ====

  * Données d'expression extraites de GEO {{:members:ccharbonnier:teaching:donneestppuce.rdata|}}
  * Publication des données {{:members:ccharbonnier:teaching:article.pdf|}}
  * Sujet TP {{:members:ccharbonnier:teaching:sujettp.pdf|}}
  * Figures du sujet {{:members:ccharbonnier:teaching:figures.zip|}}

==== TP4 : Analyse Factorielle d'une matrice de dissimilarités ====

  * Scores d'alignement de globines fournies par [[members:cdevauchelle:welcome:|Claudine]]
    * Données globines {{members:ccharbonnier:teaching:neighbor_globin.dat|}}
    * Description des globines {{members:ccharbonnier:teaching:globines_liste.zip|}}
    * Arbre phylogénétique \\ {{members:ccharbonnier:teaching:arbre_phylogenetique.png|}}