Table of Contents
Algèbre Linéaire et Analyse de Données
Intervenants
- Christophe Ambroise (cours magistral)
- Camille Charbonnier (TP/TD)
Documents de cours et TD/TP
- Sujets de TD td-mb52.pdf
- Sujets de TP tp-mb52.pdf
- Fiche récapitulative des commandes usuelles en R commandes_r.pdf (J. Chiquet)
- Correction du TD 5 correctiontd5.pdf
- Correction du TD 6 correctiontd6.pdf
Ressources en ligne pour apprivoiser R
Introduction générale
- Liste complète des manuels officiels http://cran.r-project.org/manuals.html
- Liste complète des manuels proposés sur le CRAN (divisés en >100 pages, <100 pages pour les plus pressés) http://cran.r-project.org/other-docs.html
- Sélection parmi ces manuels
- “R pour les débutants”, Emmanuel Paradis paradis-rdebuts_fr-1.pdf
- “Aide-mémoire de statistique appliquée à la biologie”, Maxime Hervé, destiné aux étudiants de Master Biologie herve-aide-memoire-statistique.pdf
- “Guide des bonnes pratiques”, Christophe Genolini, pour coder proprement genolini-rbonnespratiques.pdf
Représentations graphiques
- Manuels et nombreux exemples de représentations graphiques en R :
- Rgraphics de Paul Murrell, des bases aux raffinements les plus insoupçonnés
- Chapitres 1, 2, 4 et codes des figures de la première édition http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html
- Codes des figures de la seconde éditionhttp://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RG2e/
- Mine d'exemples : R Graph Gallery http://gallery.r-enthusiasts.com/
- Pour des graphiques élégants en analyse de données : package ggplot2 http://had.co.nz/ggplot2/book/
Matière première pour les TP
TP 1 : Algèbre linéaire
- Code source ellipse.r
- Code source plot_img.r (extrait du package …)
- Fichiers images grey_images.zip
- Correction tp1_2011.r
TP 2 : Découverte de l'ACP
- Données notes notes.dat
- Données Primaires PS 2011 primairesps.rdata
- Correction tpnotes.r
TP3 : SNP
TP noté
- Données d'expression extraites de GEO donneestppuce.rdata
- Publication des données article.pdf
- Sujet TP sujettp.pdf
- Figures du sujet figures.zip
TP4 : Analyse Factorielle d'une matrice de dissimilarités
- Scores d'alignement de globines fournies par Claudine
- Données globines neighbor_globin.dat
- Description des globines globines_liste.zip
- Arbre phylogénétique
