http://www.math-evry.cnrs.fr/ 2026-04-10T03:24:30+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/ http://www.math-evry.cnrs.fr/lib/tpl/lamme/images/favicon.ico text/html 2014-11-27T14:20:27+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/bibs?rev=1417094427&do=diff BIBS : Statistical Analysis of Microarray Material Lecture Slides Technology, Normalization, Descriptive statistics [ Introduction ], [Normalisation],[ Stat. des.],[ R Cheat sheet ], Hypothesis Testing, Clustering [ Slides of S. Robin] Assignement We consider two well known data sets in the microarray literature: the colon data analyzed initially by Alon et al. and the leukemia data first analyzed in Golub et al. (5). Both data sets consist of absolute measurements from Affymetrix olig… text/html 2020-01-07T18:40:55+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/datanalysis?rev=1578418855&do=diff Data Analysis for ENSIIE (second year) PROJET A RENDRE LE 10 JANVIER 2020 par mail à l'adresse christophe.ambroise@univ-evry.fr Le jeu de données se trouve sur <https://www.kaggle.com/jboysen/state-firearms> Corrigé des quizz * [ Corrigé QUIZZ 1 ] * [ Corrigé QUIZZ 2 ] Lecture Notes * [ Introduction, probability reminders and multivariate normal distribution] * [ Clustering: geometrical approaches] * [ Principal component Analysis] * [ Kernel PCA (slides from Rita Osadchy)] … text/html 2014-11-27T14:20:27+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/ensiie?rev=1417094427&do=diff Modèle linéaire et extensions Plan du cours Scéance Date (Salle) Sujets Documents Cours 1 10/02 (201) Régression linéaire Cours 2 27/02 (201) Modèle linéaire généralisé Cours 3 18/03 (201) Modèle mixte TD 1 03/03 (121) text/html 2015-04-01T08:40:43+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/formationgenoscope?rev=1427870443&do=diff Formation R au Genoscope Documents du cours * [ Transparents de cours sur R] * [ Transparents de cours sur les statistiques inférentielles] * [ Polycipié de TD] * [fiche résumé des commandes usuelles en R] Fichiers de données [TOUS LES FICHIERS DE DONNÉES] * Bières * Grippe * Accidentés de la route * Colza * Asthme * Performances sportives * Sida du chat * [ Données SNP] * [ Données globines] Aides, documentations, guides d'utilisation text/html 2014-11-27T14:20:27+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/gao?rev=1417094427&do=diff Cours GAO janvier 2014 Bases statistiques pour la biologie Ce cours est destiné à des étudiants issus de formations en biologie / santé désireux d'acquérir (ou revoir) des connaissances de base en statistiques. L'accent sera mis sur la construction et la mise en oeuvre des tests d'hypothèses (paramétriques et non paramétriques). Les notions d'estimations et d'intervalles de confiance seront également présentées. Le cours sera illustré par la résolution et la discussion de problèmes concrets. … text/html 2014-11-27T14:20:27+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/gbi?rev=1417094427&do=diff Projet GBI Le projet consiste à présenter le papier suivant: Should We Abandon the t-Test in the Analysis of Gene Expression Microarray Data: A Comparison of Variance Modeling Strategies Jeanmougin, M. and de Reynies, A. and Marisa, L. and Paccard, C. and Nuel, G. and Guedj, M. PLoS ONE Vol. 5 No. 9 pp. e12336 text/html 2014-11-27T14:20:27+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/ggs?rev=1417094427&do=diff Projet GGS 2013 On considère des données d’expression mises en ligne sur la base de données Gene Expression Omnibus ( ) , publiées dans Cancer en janvier 2010 dans l’article ≪ Gene expression signatures in breast cancer distinguish phenotype characteristics, histologic subtypes, and tumor invasiveness ≫par Pedraza V, Gomez-Capilla JA, Es- caramis G, Gomez C, Torne ́ P, Rivera JM, Gil A, Araque P, Olea N, Estivill X et Fa ́rez- Vidal ME ( text/html 2018-10-11T15:40:12+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/isv51?rev=1539265212&do=diff Introduction à R Intervenants * Christophe Ambroise (cours ) * Claire Dandine (TP/TD) Documents de cours et TD/TP Cours * [ R base avec Rstudio] (Introduction, Rmarkdown, structures) * [ R base graphiques et statistiques de base] * [ R tidyverse] Travaux dirigés * [ Travaux dirigés introduction (Introduction, Rmarkdown, structures) ] Données * bieres.csv text/html 2014-11-27T14:20:27+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/mb52?rev=1417094427&do=diff Algèbre Linéaire et Analyse de Données Intervenants * Christophe Ambroise (cours magistral) * Camille Charbonnier (TP/TD) Documents de cours et TD/TP * Sujets de TD * Sujets de TP * Fiche récapitulative des commandes usuelles en R (J. Chiquet) * Correction du TD 5 text/html 2014-11-27T14:20:27+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/mssb?rev=1417094427&do=diff UE4: Mathematics for systems biology Project Choose one among the following papers for your study: Part 1: Christophe Ambroise * paper of Tusher, Tibshirani and Chu (2001) about Signifiance Analysis of Microarrays, * [ paper ] of Leek and Storey (2008) about a general framework for multiple testing dependence, text/html 2019-11-29T12:58:17+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/msv51?rev=1575028697&do=diff Algèbre linéaire et analyse de données Intervenants * Christophe Ambroise (cours ) * Chiara Amorino (TP/TD) Documents de cours et TD/TP Cours * [ Introduction ] (motivation et plan du cours) * [ Systèmes linéaires ] * [ Matrices et espaces vectoriels] * [ Déterminants] * [ ACP] Travaux dirigés * [ Version provisoire] text/html 2014-11-27T14:20:27+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/projet?rev=1417094427&do=diff Prédiction par régression régularisée Sujet: Montrer que la régression ridge et la régression lasso réalisent de “meilleures” prédictions que le modèle linéaire. Vous réaliserez une étude empirique ainsi qu'une étude théorique (uniquement avec la régression ridge pour la partie théorique). text/html 2015-03-17T12:24:24+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/projet2015?rev=1426591464&do=diff text/html 2018-09-12T16:54:24+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/rcpp?rev=1536764064&do=diff Introduction à Rcpp * [ Introduction to Rcpp] * [ Rappel de machine Learning] * [ Machine learning en pratique avec R et le package caret ] * [ Code KNN du cours] text/html 2015-03-17T12:14:04+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/regression?rev=1426590844&do=diff Régression avancée Cours * [ Modèle linéaire] * [ Modèle linéaire généralisé] * [ Modèle mixte] * [ Modèles additifs] Projet Plus qu'un projet le sujet de l'année se décompose en une série d'exercices disponible sur la page projet2015 Travaux dirigés * [ énoncés de TD et projet] * [ Corrections des TD] * [ code R TD 1] * [ code R TD 2] A propos des contrastes: une manière de comprendre le recodage des variables qualitatives engendré par un contraste, il est possible … text/html 2018-10-02T09:40:29+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/statmult?rev=1538466029&do=diff Statistiques multivariées pour M1 GENIOMHE Notes de cours * [Modèle linéaire] Données * vulnerability.Rdata text/html 2018-10-05T15:40:40+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/uec32?rev=1538746840&do=diff Analyse de données d'expression UEC32 Notes de Cours * Cours 1: technologies TD corrigés * text/html 2019-11-06T11:17:45+02:00 http://www.math-evry.cnrs.fr/members/cambroise/teaching/unsupervisedm2ds?rev=1573035465&do=diff Unsupervised Learning * [ Notes de cours ACP] Practical Work * [PCA exercices] * Globin Data D <- read.table(text="MYG_PHYCA 0.0000 0.1806 0.2434 0.3964 0.5656 0.4987 1.9654 2.1040 2.1278 2.0965 2.2725 2.0807 1.9645 1.9928 1.9195 2.0944 1.9867 1.9486 1.8515 1.9880 2.6100 MYG_HUMAN 0.1806 0.0000 0.1929 0.2997 0.4852 0.4271 1.9675 2.0689 2.2427 2.1483 2.2753 2.0387 2.0941 2.1273 1.9495 2.0628 2.1114 1.9951 1.9200 2.0044 2.5663 MYG_MOUSE 0.2434 0.1…