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Table of Contents

Intervenants
Documents de cours et TD/TP
Ressources en ligne pour apprivoiser R
- Introduction générale
- Représentations graphiques
Matière première pour les TP

Algèbre Linéaire et Analyse de Données

Intervenants

Christophe Ambroise (cours magistral)
Camille Charbonnier (TP/TD)

Documents de cours et TD/TP

Sujets de TD td-mb52.pdf
Sujets de TP tp-mb52.pdf
Fiche récapitulative des commandes usuelles en R commandes_r.pdf (J. Chiquet)
Correction du TD 5 correctiontd5.pdf
Correction du TD 6 correctiontd6.pdf

Ressources en ligne pour apprivoiser R

Introduction générale

Liste complète des manuels officiels http://cran.r-project.org/manuals.html
Liste complète des manuels proposés sur le CRAN (divisés en >100 pages, <100 pages pour les plus pressés) http://cran.r-project.org/other-docs.html
Sélection parmi ces manuels
- “R pour les débutants”, Emmanuel Paradis paradis-rdebuts_fr-1.pdf
- “Aide-mémoire de statistique appliquée à la biologie”, Maxime Hervé, destiné aux étudiants de Master Biologie herve-aide-memoire-statistique.pdf
- “Guide des bonnes pratiques”, Christophe Genolini, pour coder proprement genolini-rbonnespratiques.pdf

Représentations graphiques

Manuels et nombreux exemples de représentations graphiques en R :
- Rgraphics de Paul Murrell, des bases aux raffinements les plus insoupçonnés
  - Chapitres 1, 2, 4 et codes des figures de la première édition http://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RGraphics/rgraphics.html
  - Codes des figures de la seconde éditionhttp://www.stat.auckland.ac.nz/~paul/RG2e/
- Mine d'exemples : R Graph Gallery http://gallery.r-enthusiasts.com/
- Pour des graphiques élégants en analyse de données : package ggplot2 http://had.co.nz/ggplot2/book/

Matière première pour les TP

TP 1 : Algèbre linéaire

Code source ellipse.r
Code source plot_img.r (extrait du package …)
Fichiers images grey_images.zip

Correction tp1_2011.r

TP 2 : Découverte de l'ACP

Données notes notes.dat
Données Primaires PS 2011 primairesps.rdata
Correction tpnotes.r

TP3 : SNP

Extrait de données HapMap snp.zip fournies par Matthieu
Site web de la base de données HapMap

TP noté

Données d'expression extraites de GEO donneestppuce.rdata
Publication des données article.pdf
Sujet TP sujettp.pdf
Figures du sujet figures.zip

TP4 : Analyse Factorielle d'une matrice de dissimilarités

Scores d'alignement de globines fournies par Claudine
- Données globines neighbor_globin.dat
- Description des globines globines_liste.zip
- Arbre phylogénétique

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