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members:pneuvial:teaching:bibs:multtest

TP: Tests multiples

Télécharger les données: http://strimmerlab.org/data/hedenfalk.rda.gz

load("hedenfalk.rda.gz")
ls()
hedenfalk.mutation
str(hedenfalk.genedescription)
str(hedenfalk)
  • Créer un vecteur des p-values des 3226 gènes pour le test de Student

Contrôle du FWER

  • appliquer la méthode de Bonferroni pour contrôler le FWER au niveau 10%. Quelle garantie avez-vous sur la liste de gènes sélectionnés ?
  • idem en incorporant l'estimation de pi0 par la méthode de Storey. Comparer les résulats.
  • idem avec les méthodes de Sidak, Bonferroni-Holm. Comparer les résulats.

Contrôle du FDR

  • appliquer la méthode de Benjamini-Hochberg pour contrôler le FWER au niveau 20%. Quelle garantie avez-vous sur la liste de gènes sélectionnés ?
  • idem avec la méthode de Benjamini-Hochberg et la méthode de Storey. Comparer les résulats.
members/pneuvial/teaching/bibs/multtest.txt · Last modified: 2015/01/20 12:28 by Pierre Neuvial

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